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GSEA主要搜索其基因在ranked gene list的顶部或底部富集的通路。例如,如果最顶端的差异表达基因参与细胞周期,这表明细胞周期通路在实验中受到调节。相反,如果细胞周期基因在整个ranked list中随机分散,则细胞周期通路可能没有受到明显的调节。为了计算通路的富集评分(ES),GSEA逐个检查ranked list的顶部到底部的基因,如果基因是通路的一部分则增加ES,否则降低ES。对这些计算的总和值进行加权,以便放大顶部(和底部)排序基因的富集,而没有放大排序在中间的基因的富集。ES评分是计算总和的最大值,再相对于通路大小标准化,得出归一化的富集评分(NES),反映了list中通路的富集。正NES值和负NES值分别表示列表顶部和底部的富集情况。最后,基于排序计算并校正P值以进行多重检验以产生FDR Q值,其范围从0(高度显著)到1(不显著)(box3)。从ranked gene list的底部开始进行相同的分析,以鉴定在列表底部富集的通路。使用FDR Q值的阈值(例如,Q <0.05)选择所得到的通路并使用nes进行排序。此外,gsea分析的“leading>Cytoscape(http://www.cytoscape.org/)全民棋牌安卓版官网下载该考试分三个部分:理论、技能、综合,那么以下我也将围绕这三部分展开阐述。

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